Коллекция изобразительного искусства включают в себя иконы на дереве (в том числе оклады и киоты), написанные в технике масляной и темперной живописи, мелкую меднолитую пластику и художественные отливки из металла (немногим более 140 предметов). Иконы на дереве в количестве 46 предметов написаны в технике масляной и темперной живописи. Основная часть коллекции создавалась в 1990-е годы путем приобретения у частных лиц (коллекционеров и населения). Большинство вещей — это памятники поздней иконописи XIX - начала XX веков, некоторые – старообрядческие, имеются также иконы, созданные в 1940-е гг. По происхождению иконы делятся на привозные из Центральной России и так называемые образцы народной иконы (крестьянские), которые написаны местными сибирскими мастерами. Большинство икон на дереве небольшого размера, но есть и храмовые, большие иконы, а также дорожные, которые могли поместиться в сумке. В фондах музея хранится весьма редкий образец иконописной живописи — икона на бересте «Иоанн Предтеча». В нашей коллекции представлены такие наиболее почитаемые в народной среде Кузнецкого края сюжеты, как образы Георгия Победоносца, Ильи Пророка, Николая Чудотворца, Богоматери Казанской.
Все иконы на дереве отреставрированы в 2012-2016 годах, их восстановлением занималась художник-реставратор Екатерина Григорьевна Боровинских (ГАУК «Томский областной краеведческий музей им. М.Б. Шатилова»). Результатом этой работы стало возрождение к жизни тридцати трех икон периода XIX – начала XX веков, имеющих культурную, историческую и художественную ценность. Необходимость реставрации была продиктована неудовлетворительным состоянием икон, которые имели различного рода утраты, осыпи, шелушения, вздутия. В ходе проведения реставрационных работ было произведено укрепление красочного слоя, левкаса и грунта, расчистка от загрязнений и потемневшего лака, подводка в местах утрат реставрационного грунта, тонировка реставрационных вставок и потертостей при помощи акварели, темперной краски. Во время расчистки нередко освобождалось авторское письмо. В каждом из восстановленных произведений присутствует кропотливый труд реставратора и следование четкому правилу «не навреди», которое ни в кое мере не должно перевешивать желание сделать как можно красивее.
Археологические раскопки на памятнике «Острог и город Кузнецк» (Советская площадь, 2012 г.) пополнили коллекцию медного литья нательными крестами, представляющими собой 15 хорошо сохранившихся экземпляров и 9 фрагментов. Среди поступивших крестов несколько датируются ранним для истории города XVII веком и имеют изображение святого Никиты – бесогона, почитание которого до конца XVII века было наиболее распространено в русской церкви. Другие кресты относятся к XVIII веку и представляют собой, так называемый голгофский вид креста с изображением на лицевой стороне наиболее характерного для православных традиций восьмиконечного креста на подножии (Голгофе). Все найденные кресты отличаются разнообразным оформлением, имеют различные завершения лопастей, варианты декора средокрестия, некоторые дополнены декоративными элементами.
В 2015 и 2017 годах коллекцию пополнили редкие произведения хромолитографии на жести периода XIX- начала XX веков с изображением Петра I и отца Иоанна Кронштадтского, подаренные музею частными лицами.
Весомый дар в фонды музея в 2018 году сделала жительница г. Осинники Ирина Дмитриевна Одновал, которая передала в музей большое собрание вещей православного культа, относящихся к периоду середины XVIII – началу XXI веков. Наряду с предметами богослужебного облачения, церковной утвари и редких старопечатных книг в музей поступили 5 ценных предметов медного литья XIX века и 16 живописных и печатных икон периода второй половины XIX – середины XX веков. Все произведения были собраны И.Д. Одновал на протяжении ряда лет. Часть вещей были получены Ириной Дмитриевной из Ильинской церкви г. Осинники, другие - от прихожан и учеников воскресной школы либо приобретены ею лично.
Фонд изобразительных источников, имеющий разноплановую структуру, пополнился в 2023 году интересными образцами. В раздел «Графика» была включена гравюра «Кузнецы» новокузнецкого художника А.А. Каменева, выполненная в 1980-е годы и переданная автором в дар. Сюжет гравюры ярко отображает один из основных, традиционно развитых в г. Кузнецке, видов ремесла – кузнечный, который еще в XVII веке послужил источником для названия нашего города. Данное произведение органично дополнило имеющийся в фондах музея-заповедника цикл работ автора о старом Кузнецке, изображающие базар, паровую мельницу и молотилку. Праправнучка кузнецкого купца А.Е. Фонарева - И.М. Яковлева в 2023 году передала в музей картину, предположительно, авторства известного алтайского художника Г.И. Чорос-Гуркина «Река Ул» (холст, масло, авторская копия, время создания примерно 1908-1910 гг.). Согласно семейной легенде, произведение попало в дом Фонаревых в результате дружбы старшей дочери Гуркина – Марии – с одной из дочерей Фонарева - Дросильдой, которые вместе учились в томской гимназии в период активной организации выставок Г.И. Чорос-Гуркина в г. Томске (1908-1910-е гг.). После приема в фонды картина была отреставрирована художником-реставратором высшей категории Н.П. Добрыниной и заново оформлена в раму. По желанию дарительницы произведение займет свое первоначальное место в постоянной экспозиции дома купца Фонарева (памятник архитектуры муниципального значения, входит в состав МАУК МЗ «Кузнецкая крепость»), где будет помогать создавать подлинный облик интерьера, являясь практически единственным сохранившимся на сегодня мемориальным предметом семьи Фонаревых в распоряжении музея-заповедника.